Gli atti del martirio del diacono Euplio (o Euplo) narrano che il procuratore Calvisiano lo condannò alla fustigazione e alla decapitazione dopo l'esplicita dichiarazione della sua fede cristiana e l'affronto di aver portato i libri dei Vangeli, banditi dall'impero, al suo cospetto. Secondo un'altra fonte, insieme a lui patirono il martirio le vergini Veneria e Nericia. Nella cripta si può notare un pilastrino in stile corinzio che reggeva un Vangelo in pietra, ora del tutto corroso. E del resto l'umidità ha cancellato anche l'affresco dell'altare che rappresentava Sant'Euplio con l'allora vescovo di Catania Serapione, a sua volta martirizzato. Un affresco che pure si era conservato fino agli anni Cinquanta, come rivelano le foto dell'epoca esposte lungo la scala che si snoda in un vero e proprio pozzo a cielo aperto formato dai palazzi costruiti nel tempo. Da questo ambiente ipogeo si aprivano altre stanze, poi riempite e murate. Sopra la cripta, nel 1548, venne costruita la chiesa di sant'Euplio che apparteneva alla Confraternita di sant'Euplio che nel 1598 la affidò ai padri cappuccini e quindi nel 1606 ai frati francescani. La chiesa viene segnalata nelle stampe cinque e secentesche originate dal rilievo della città "a volo d'uccello" di Hogenbergh e Braen e nell'opera di Ittar se ne può vedere il rilievo planimetrico. La chiesa appare in quest'ultimo lavoro con ingresso a ovest, a nave unica, con profondo presbiterio segnato da un arco trionfale. L'8 luglio del 1943 la chiesa è colpita in pieno da uno degli ordigni lanciati durante l'attacco aereo alleato di quell'anno. Le uniche due pareti rimaste intatte, quella settentrionale e quella orientale, vennero risparmiate dalla ricostruzione post bellica, mentre venne ripavimentato in cotto siciliano il suolo su cui si estendeva l'edificio. Nel 1964 venne inaugurato la nuova chiesa parrocchiale in uno dei nuovi quartieri satellite che stavano sorgendo nei primi anni sessanta, in piazza Montessori, realizzata su progetto dell'architetto Giacomo Leone. Dalla seconda metà del XX secolo sono appesi, dov'era il presbiterio, dodici tondi a rilievo con le immagini in rilievo degli apostoli, opere originariamente destinate al cimitero civico, poi esposte definitivamente sulla parete orientale dell'edificio.Sulla base della già citata planimetria dell'Ittar, degli esigui resti e sull'unica descrizione accurata antecedente al 1943 ad opera del Rasà Napoli, possiamo ipotizzare l'aspetto che dovette avere la chiesa prima della sua distruzione. L'altare maggiore doveva essere affrescato con immagini dei "santi Euplio e Antonio innanzi al trono di Maria con un coro di angioli, i quattro Evangelisti, l'Apoteosi di sant'Eupilo, la predicazione dello stesso santo" ed era ornato da semi-colonne con capitelli di stile corinzio, ancora oggi visibili. La chiesa disponeva poi di due altari laterali che erano affrescati; quello di destra aveva una "predicazione di sant'Antonio abate nel deserto" di Tullio Allegra, mentre quello di sinistra rappresentava un "santissimo Crocifisso senza simulacri ma con gli Angioli della passione" dello stesso Allegra. Il prospetto verso occidente era in pietra calcarea e sull'unica porta vi erano come decorazioni una mitra poggiata su un libro chiuso e un pastorale con un campanello legatovi, i quali costituiscono i simboli di sant'Antonio Abate, e un libro aperto il quale è invece il segno distintivo di sant'Euplio. All'ingresso, sul lato sinistro del pavimento, era una botola che conduceva ai locali sottostanti di epoca romana. La botola venne definitivamente tolta e venne realizzata la prosecuzione della scaletta in muratura che conduce ancora all'ambiente ipogeo ornato da pitture un tempo leggibili e da diverse nicchie laterali, caratterizzato da un altare costituito da un capitello di epoca romana, ipotizzato dalla tradizione quale il luogo della prigionia del santo, ipotizzato come sepolcro da diversi studiosi e certamente luogo di culto in età tardo-antica. Al locale si accede ancora in occasione dei riti religiosi per la data del martirio di sant'Euplio, il 12 agosto. Per tale data si effettua anche la messa celebrativa al santo nei resti della chiesa superiore.