Il ginnasio è un ambiente scavato nella roccia di età ellenistico-romana e riportato alla luce solo di recente. Esso è costituito da due sale comunicanti e corredate di sedili laterali. La stanza sulla destra presenta una parete franata ed è dotata di vasche per abluzioni. L'ambiente di sinistra è il meglio conservato nonché il più interessante. In esso si notano ancora delle incisioni in greco che designavano i posti a sedere. In corrispondenza delle lettere PRE si indicavano i posti degli anziani, presbyteroi. sotto la scritta NEO i giovani o neoteroi. L'ambiente probabilmente veniva utilizzato come aula assembleare in cui la comunità si ritrovava.
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