All'inizio del viale Boccetta con ingresso principale su Largo Seguenza, la Villa sorge nel sito di una necropoli romana e dove, in passato, si estendeva la scenografica piazza del "Piano di San Giovanni". È dotata di un grande Acquario dell'Istituto Talassografico, aperto nel 1955, dove sono custoditi esemplari marini del Mediterraneo e dei mari esotici. l "Piano di San Giovanni"
Fu denominato così perché adiacente all'omonima chiesa fondata nel 540 da San Placido e divenuta, poi, Chiesa di San Giovanni di Malta. Perno dell'intero Piano era il Fonte di San Giovanni con annesso un lungo lavatoio per le sete. La grande vasca veniva anche utilizzata per allestirvi la Galera, grande vascello realizzato in materiale effimero in occasione delle secolari feste in onore della Madonna della Lettera, particolarmente quella del 1728 che si distinse per la sontuosità, lunga 60 metri con cannoni che sparavano a salve, suonatori di corni, pifferi, trombe, tamburi e 3000 luci di candele. La monumentale fontana venne poi rimossa quando, nel 1832, si realizzò al suo posto un giardino all'inglese con aiuole delimitate da vialetti e da ampi spiazzi per il gioco dei bambini e il passeggio degli anziani che assunse il nome di "Villa Flora", un "ameno boschetto" come la definì Giuseppe Grosso Cacopardo nel 1841 e "[...] giardino inglese di eleganti forme, di svariati viali, di esotiche, ed indigene piante…ove gli alberi del Nord sorgono accanto la canna di zucchero […] come la descrisse Giuseppe La Farina nel 1840: era l'antenata dell'attuale "Villa Mazzini".
Con la denominazione di "Villa Flora" si mantenne fino al 1873 quando fu dedicata, l'anno dopo la sua morte, al patriota repubblicano Giuseppe Mazzini che Messina aveva eletto alla Camera dei Deputati nel suo primo collegio il 25 febbraio 1866. La celebre guida del 1902 "Messina e Dintorni", sei anni prima del terremoto, così la descriveva: "[…] è un giardino inglese iniziato nel 1832 e poi abbellito con molto gusto dal Berceau: in esso prosperano delle piante rare ed orientali. Il busto di Mazzini è bel lavoro dello scultore Lio Gangeri (1876). Caratteristico il palchetto musicale tutto di ficus beniaminum formanti un padiglione. Molto elegante il tempietto ionico dell'architetto Carlo Falconieri dov'è un busto del Maurolico del Prinzi (1857). Altri due busti ricordano Salvatore e Giovanni Bensaia, popolani liberali e soldati coraggiosi del patrio risorgimento. Alla villa è provvisoriamente unito un Teatro". Dopo il sisma del 1908 l'ing. Luigi Borzì, autore del Piano Regolatore della ricostruzione, progettava la nuova "Villa Mazzini" con impianto planimetrico triangolare in sostituzione di quello precedente che era rettangolare.
Nel 1916 l'Ufficio del Piano Regolatore ultimava la progettazione della nuova "Villa Mazzini" secondo lo stile eclettico-tardo liberty imperante all'epoca. Il progetto, considerato però dispendioso, fu ridimensionato con una seconda stesura negli anni Venti e quest'ultima sistemazione è quella che con qualche limitata variante si è mantenuta fino ai giorni nostri. Degli antichi arredi ed opere scultoree della Villa si conservano, oggi, il busto di Francesco Maurolico; quelli dei patrioti Giacomo Natoli e Giuseppe Bonfiglio provenienti dal "Giardino a mare" Umberto I (dove oggi ha sede la Fiera) scolpiti, rispettivamente, da Saro Leonardi nel 1905 e da Giovanni Scarfì nel 1921 e il busto del patriota e garibaldino Nino De Leo. Sono invece andati perduti i busti dei patrioti Salvatore e Giovanni Bensaia, il primo di Giosuè Zingales e il secondo di Gregorio Zappalà. Come anche il busto di Giuseppe Mazzini scolpito da Lio Gangeri nel 1873 ed inaugurato nel 1876, sostituito da una copia realizzata da Antonio Bonfiglio. Al centro della Villa si eleva un palchetto musicale, posto sopra una grande vasca coperta da ingrottamento artificiale, con giochi d'acqua, pesci e piante acquatiche.
fonte Comune di Messina.